durchfließt Friedrichshain-Kreuzberg aus dem Bezirk Treptow-Köpenick kommend in ost-westlicher Richtung von der Elsenbrücke und verläßt ihn an der Michaelbrücke in den Bezirk Mitte. Zudem überqueren die Ringbahnbrücke Oberspree, die Oberbaumbrücke und die Schillingbrücke den Fluss auf seinem Lauf durch den Bezirk. Kurz nach der Elsenbrücke zweigt südlich der Landwehrkanal mit dem Flutgraben ab, die beide die Lohmühleninsel umfließen. Im 19. Jahrhundert entstanden hier zahlreiche Schwimmanstalten, u. a. die Pfuelsche Schwimmanstalt, da der Fluss eingangs der Stadt noch eine sehr gute Wasserqualität besaß. Ab 1876 befand sich an der Stralauer Allee die Wiege des Berliner Rudersports. Später wurden am Ufer der S. zahlreiche Gewerbehöfe gebaut u. a. die Berliner Velvetfabrik, der Industriepalast, die Viktoriamühle, der Reichelthof und das Lagerhaus Süd-Ost. 1913 wurde der Osthafen eröffnet zu dem auch der Spreespeicher und das Eierkühlhaus gehörten. Heute ist der Uferraum der S. in Friedrichshain-Kreuzberg ein besonderes städtebauliches Entwicklungsgebiet. Am Fluss selbst waren 1882 bis 1885 Umbauten erfolgt: eine Begradigung des Flusslaufes und die Verbreiterung des Flussbettes auf 50 m bei Mittelwasser, die Herstellung einer Sohlenbreite von 25 m und der Tieferlegung der Flusssohle bis auf 1,50 m unter den niedrigsten Wasserstand, sowie die Errichtung von Ufermauern. Später erfolgte der Ausbau für das Befahren des Flusses mit 1000-t-Schiffen. Der Ausbau des Flussbettes für das Befahren mit Euro-Schiffen von 1350 t ist geplant. Am Gröbenufer befindet sich eine 1895 errichtete, denkmalgeschützte Schiffsanlegestelle, die von City Tour und der Stern- und Kreisschifffahrt GmbH genutzt wird.
durchfließt Friedrichshain-Kreuzberg aus dem Bezirk Treptow-Köpenick kommend in ost-westlicher Richtung von der 
Elsenbrücke 