Die erste Kirche in Moabit entstand von 1832 bis 1834 und gehört zu den von Karl Friedrich Schinkel entworfenen Vorstadtkirchen. Wegen fehlender finanzieller Mittel gestaltete der Baumeister den schlichten Klinkerbau ohne Turm. Am 24. 6. 1835 (St.-Johannis-Tag) erfolgte die Einweihung. In einer zweiten Bauphase, die Friedrich August Stüler leitete, entstanden in den 50er Jahren die Gemeindeschule, danach das Pfarrhaus und neben der Kirche ein 47,60 m hoher Turm (Campanile). Später kamen eine Vorhalle und ein Arkadengang hinzu. Das Küsterhaus, in dem heute Rechtsanwälte und ein Architekt ihr Büro haben, entstand 1865. 1896 errichtete Max Spitta das Querhaus und den neuen Chor. Die 1959 von Karl-Ludwig Schuke erneuerte Orgel stammt ursprünglich von Wilhelm Sauer (18311916). Im II. Weltkrieg stark beschädigt, konnte der Wiederaufbau durch Otto Bartning mit einer Einweihung am 23. 6. 1953 abgeschlossen werden. Als erster Pfarrer arbeitete ab 1835 bis zu seinem Tod der ehemalige Prediger am Invalidenhaus Ludwig E. F. Seidig (18001866). Von 1926 bis 1950 wirkte Hellmut Hitzigrath an der evangelischen Kirche. Die J. steht mit allen Nebengebäuden und dem Friedhof der St.-Johannis-Gemeinde unter Denkmalschutz.