Er begründete die Innere Mission der evangelischen Kirche. Im Januar 1857 wurde er Evangelischen Oberkirchenrat und als Vortragender Rat für die Angelegenheiten der Strafanstalten und des Armenwesens ins Preußischen Ministerium des Innern ein. 1858 gründete W. das evangelische Johannesstift, das sich der Gefangenenseelsorge, Kinderpflege und Diakonenausbildung widmen sollte, mit seiner ersten Niederlassung Alt-Moabit 127/Werftstraße. 1860 etablierte er die „Johanneshilfe“ – eine Erziehungs- und Fürsorgeeinrichtung für bedürftige Kinder – in einem Haus zwischen der Moabiter Chaussee und dem königlichen Holzplatz (heute Alt-Moabit und Hauptzollamt Packhof), seit 1863 in Martinikenfelde (in der Nähe der heutigen Huttenstraße/Neues Ufer). Von 1865 bis 1910 befand sich das Stift am Berlin-Spandauer Schiffahrtskanal auf dem Gebiet des heutigen Westhafens. Der evangelische Wichern-Verlag und das Haus Wichern tragen den Namen des Theologen. Am Haus Alt-Moabit 127/Werftstraße befindet sich eine Gedenktafel für W. Zudem sind Straßen in Spandau und Zehlendorf sowie das Wichern-Krankenhaus (Spandau) nach ihm benannt.
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