Vermutlich in der 2. Hälfte des 13. Jahrhunderts zusammen mit der damals angelegten Neustadt am neuen Markt (später Marienkirchhof 1–5) gebaut, wurde die M. 1292 erstmals urkundlich erwähnt. Um 1340 kam die Sakristei mit zierlichen Pfeilergiebeln am südlichen Seitenschiff hinzu. Im 15. Jahrhundert wurde die M. nach Westen erweitert, es entstand eine dreischiffige Vorhalle mit Turm, der später mehrfach erneuert wurde. Nach mehrfachen Bränden und Blitzeinschlägen erfolgte die Wiederherstellung und bauliche Umgestaltung der Kirche, u. a. durch Michael Mathias Smids und Andreas Schlüter. Umbauten und Einbauten, zum Beispiel einer Fußbodenheizung und einer Glaswand zur Turmhalle, erfolgten auch bei den Restaurierungen 1817–1819, 1893/94, 1926/27. Wiederholt wurde auch die 1720/21 von Joachim Wagner (1690–1749) eingebaute Orgel restauriert und erneuert. Die nach der Nikolaikirche zweitälteste Pfarrkirche Berlins besteht aus einem dreischiffigen Langhaus mit sechs hohen gotischen Fenstern. Der Backsteinbau, 72 m lang, 21 m breit, ruht auf einem hohen Feldsteinquader-Sockel. Der erhöhte, einschiffige Chor wird halbkreisförmig von fünf Seiten abgeschlossen. Auffallend sind im Kircheninnern zahlreiche gotische und barocke Epitaphien, Sarkophage und Grabmale reicher Berliner Bürger des Mittelalters. Die Alabasterkanzel, ein Werk von Schlüter, erhielt 1703 die Weihe. In der Turmhalle ist das 2 m hohe und 22,60 m breite Freskogemälde „Der Totentanz“ aus dem Jahre 1485 zu sehen. Es zeigt in 28 szenischen Bildern, wie der Tod die Vertreter der Stände zum Reigen führt. Das Schriftband mit Versen in niederdeutscher Sprache gilt als älteste erhaltene Berliner Dichtung. Vor dem Eingangstor steht das verwitterte Sühnekreuz aus Stein, das an den 1324 ermordeten Bernauer Propst Nikolaus erinnert. Im II. Weltkrieg beschädigt, wurde die M. 1945–1950 instandgesetzt. Dabei hat man die ursprünglich weiße Ausmalung wiederhergestellt und die Magistratsloge zu einer neuen Kapelle ausgebaut. 1969/70 folgte eine weitere Instandsetzung. 1974 erhielt der Westeingang kupfergetriebene Türflügel. Viele Prominente haben in der M. gepredigt oder hier an Veranstaltungen teilgenommen. So saßen während des Deutschen Evangelischen Kirchentages 1951 Gustav Heinemann (1899–1976) und Wilhelm Pieck gemeinsam unter der Kanzel. Hier predigten nach 1945 u. a. Karl Barth (1886–1968), Otto Dibelius (1880–1967), Heinrich Grüber, Martin Luther King (1929–1968), Martin Niemöller (1892–1984), Kurt Scharf (1902–1990). Die einzige noch als Gotteshaus genutzte mittelalterliche Kirche von Alt-Berlin dient heute als bischöfliche Predigtkirche wie als Konzert- und Ausstellungshalle. Sie steht unter Denkmalschutz.
Vermutlich in der 2. Hälfte des 13. Jahrhunderts zusammen mit der damals angelegten Neustadt am neuen Markt (später Marienkirchhof 1–5) gebaut, wurde die M. 1292 erstmals urkundlich erwähnt. Um 1340 kam die Sakristei mit zierlichen Pfeilergiebeln am südlichen Seitenschiff hinzu. Im 15. Jahrhundert wurde die M. nach Westen erweitert, es entstand eine dreischiffige Vorhalle mit Turm, der später mehrfach erneuert wurde. Nach mehrfachen Bränden und Blitzeinschlägen erfolgte die Wiederherstellung und bauliche Umgestaltung der Kirche, u. a. durch Michael Mathias 
Smids 