Ab 1801 in preußischen Diensten, wirkte er u. a. als Direktor der Akademie für junge Offiziere in Berlin. 1803 in den Generalstab berufen, wurde er 1807 Generalmajor und Vorsitzender der Militär-Reorganisationskommission sowie Vortragender Generaladjutant König Friedrich Wilhelm III. (17701840). Er gehörte zu den Schöpfern einer modernen preußischen Armee und der allgemeinen Wehrpflicht und gilt als der bedeutendste reformorientierte preußische Militär im Kampf gegen Napoleon. 1808 übernahm er die Leitung des Kriegsdepartements und 1810 die der neugegründeten Allgemeinen Kriegsschule in Berlin. Seit 1813 Generalleutnant, leitete er die Vorbereitung zu den Befreiungskriegen. Als Generalstabschef Gebhard Leberecht Blüchers in der Schlacht bei Großgörschen (2. 5. 1813) verwundet, starb er kurz darauf. Um 1802 hatte er seine Wohnung Am Königsgraben (heute eingezogen) 17. Er erhielt ein Ehrengrab auf dem Invalidenfriedhof. Die Scharnhorststraßen in Mitte/Wedding und Tempelhof tragen seinen Namen. 1822 wurde das Scharnhorstdenkmal an der Neuen Wache eingeweiht.