Als älteste Kirche der Friedrichstadt war sie bereits 1484 (ob zu dieser Zeit erst als Kapelle oder schon als Kirche ist nicht überliefert) am späteren Schnittpunkt von Jerusalemer und Lindenstraße errichtet worden. Zwischen 1689 und 1693 erfolgten Umbau und Erweiterung durch Giovanni Simonetti (16521716). Bereits 17281731 erbaute Philipp Gerlach unter Verwendung vorhandener Bausubstanz die Kirche neu, ihr Turm wurde jedoch 1747 wegen Baufälligkeit abgetragen. Ein erneuter Umbau erfolgte 1838 durch Karl Friedrich Schinkel. Als 1878/79 Edmund Knoblauch (18411883) dem evangelischen Gotteshaus die letzte Gestalt verlieh, erhielten die alten Umfassungsmauern eine Verkleidung aus Backstein und Terrakotta. Im Zweiten Weltkrieg wurde die J. zerstört, ihre Ruine 1961 gesprengt und abgetragen. Heute erhebt sich hier ein Teil des Axel-Springer-Verlagshauses. 1968 entstand im spitzen Winkel von Linden-und Markgrafenstraße der Ersatzbau der J. von Siegrid Kressmann-Zschach (19291990), ein Ensemble aus zwei drei- bzw. viergeschossigen abgestuften Baukörpern mit Kirchenraum, Verwaltungs- und Wohnbereich und einem freistehenden Glockenturm. Auf der Außenverblendung des Gottesdienstgebäudes wurden 1970 zwei aus den Trümmern der alten Kirche gerettete beschriftete Steinplatten vom Bau 17281731 eingelassen. Im März 2001 schlossen sich die evangelischen Gemeinden Dreifaltigkeit, St. Lukas, Jerusalem und Neue Gemeinde mit der Friedrichswerderschen Gemeinde (Französische Friedrichstadtkirche) zusammen. Das Ensemble der J., jetzt "Zentrum Jerusalemkirche, dient nun in unmittelbarer Nachbarschaft zum Jüdischen Museum als christlich-jüdische Begegnungsstätte mit Informations- und Bildungsangeboten zur Geschichte beider Weltreligionen.