Hermann Blankenstein errichtete das Gebäude zwischen 1887 und 1889 zusammen mit Fridolin Zekeli. Im II. Weltkrieg teilweise zerstört, wurde die Schule 1985–1987 von Jürgen Böge, Ingeborg Böge-Lindner und Jörg Friedrich umgebaut und erweitert. Das Schulgelände beginnt an der Stephanstraße/Perleberger Straße und erstreckt sich bis zur Quitzowstraße. Der Eingang Stephanstraße ist gekennzeichnet durch das mit Pylonen und Stahlgitterbrücken ausgestattete Tor und die alten Lehrerwohnhäuser, Kantine, Turnhalle. An der Quitzowstraße schließt die neue viergeschossige, zweiflügelige Klassenanlage an das alte Schulgebäude an. Die Baukörper sind durch ein verglastes Eingangsbauwerk und glasüberdeckte Gänge miteinander verbunden. Anfänglich von der V. Städtischen Höheren Bürgerschule genutzt, zog 1902 das Friedrichwerdersche Gymnasium ein, 1933 die Fichte-Realschule, die 1935 aufgelöst wurde. Danach wurde das Gebäude zeitweise von der Handelsschule Moabit genutzt. 1946 begann der Schulbetrieb als 1. und 2. Grundschule. 1982 startete man mit der Gesamtschule Tiergarten den Modellversuch einer Ganztags-Gesamtschule. Sie bezog am 12. 9. 1987 die umgebaute Schule in der Stephanstraße und erhielt den Namen des Philosophen Moses Mendelssohn. Der Altbau steht unter Denkmalschutz.
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